海正藥業日前公告稱，因環保不達標部分產區停產，而這已經不是海正藥業第一次遭遇“環保門”事件。業內人士質疑海正藥業因不愿意加大環保投入經費而近年屢上黑名單。
10月18日，浙江省臺州市環保局和臺州市椒江區政府聯合下發了一則《關于印發臺州主城區告別化工惡臭“倒計時行動”實施方案的通知》，要求海正藥業、新東港藥業等7家企業完成整治提升，并限定最遲在今年12月30日前完成。11月13日，臺州市環保局和椒江區政府再次下發《關于對海正藥業等七家企業保留項目全面實施停產整治的函》，要求7家企業保留項目在11月15日之前實施全面停產整治，完成整治并通過驗收后方可恢復生產。
作為原料藥大戶，這已經不是海正藥業第一次遭遇“環保門”事件。2012年初，環保部公告海正藥業被查出“外排廢水C O D超標排放，電纜溝積存高濃度污水；抗生素菌渣等危險廢物擅自出售給無資質的企業；與環保部門聯網的在線監測數據弄虛作假”等問題。海正藥業當年也提出了相應的整改措施，但今年環保問題再次出現。
與2012年初環保部核查項目不同的是，臺州市環保局此次發現海正藥業巖頭廠區的問題不涉及原料藥菌渣等危險廢物，而主要集中在“現有廢水處理設施改造，清理池內污泥；廠區雨水管路的清理、疏通工程；新建一套蓄熱式熱力焚燒工藝(R T O )處理裝置，集中處理儲罐區、抗腫瘤藥區域、108車間有機廢氣；廠區高壓板框中心密閉化改造工程；廠區各車間拆除現有空間引風排氣筒”。
“臺州是藥企集中地區，以前都是第三梯隊的藥企因排污被查，沒想到今年連海正這樣的大企業都不過關。”一位業內人士對《經濟參考報》記者表示，由于排污成本(行政處罰)遠遠小于治污成本(上馬設備、引進技術等)，藥企很容易兩害相權取其輕而“寧可直排被罰幾百萬，也不投入幾千萬甚至上億元搞環保”。
北大縱橫高級醫藥合伙人史立臣表示，海正藥業停產整治排污問題，一方面影響了生產，另一方面需要投入大量的資金，這對海正藥業造成雙重影響，會影響到海正藥業2013年的經營業績，同時也會對其估值產生影響。三季報數據顯示，今年前三季度，海正藥業實現營業收入63 .81億元，同比增長了45 .09%，實現凈利潤2. 1 5　億元，同比下滑了13 .36%。
海正藥業11月20日給《經濟參考報》記者回函時表示，本次需整治范圍所涉及的產品占海正藥業2012年度主營業務收入的4%，同時公司已提前調整生產計劃并準備相關產品庫存，因此不會對公司生產經營造成影響。公司一直在加緊通過設備改造、技術升級等一系列的舉措，爭取提前完成整治任務并上報驗收。
對于“環保經費投入多少”等問題，海正藥業只字未提，只稱“公司通過產品結構調整、設備改造、技術升級和節能減排等一系列的舉措，從源頭抓起，共同實現經濟與環境保護的雙贏”。