開征環(huán)境稅，引來的一個直接問題是，會不會增加企業(yè)負擔？雖然有行業(yè)代表對此頗有擔憂，但專家分析認為，環(huán)境稅的出臺不會加重企業(yè)整體稅負。
今年“兩會”期間，財政部副部長朱光耀提到，環(huán)境稅會對石油、造紙、印刷等行業(yè)造成沖擊。去年5月，國家有關部門將《環(huán)境保護稅法（送審稿）》送達鋼鐵、電力、有色、煤炭等“兩高”行業(yè)的相關協(xié)會時，有行業(yè)協(xié)會對新環(huán)保稅的設計提出了不同意見，認為上述額外稅負每年將給行業(yè)造成上千億元成本，并導致行業(yè)“入不敷出”。
不過，在排污費改稅實踐多年的湖北，來自湖北省地稅局的一項調(diào)研結果顯示，自2007年的排污費改稅對納稅人帶來的負面影響幾乎為零。更有企業(yè)表示，對納稅人而言，只要征收標準不提高，更傾向于納稅，可避免“關系費”、“人情費”造成的不公平。
財政部財政科學研究所副所長蘇明認為，環(huán)境稅的研究制定之所以需要漫長時間，核心問題就是環(huán)境稅的負擔，尤其是對企業(yè)的負擔。該問題一方面關系到經(jīng)濟發(fā)展，另一方面也要對環(huán)境保護起到促進作用，也就是要在兩者之間取得均衡。目前審議的重點在于環(huán)境稅負擔定多少、征稅范圍定多大比較合適。
中國財稅法研究會常務理事計金標對記者表示，在工業(yè)方面，如火力發(fā)電、鋼鐵、造紙、印染、石油化工等企業(yè)可能會承擔較多的環(huán)境稅。但是，環(huán)境稅的主要目標就是通過對環(huán)境不友好的行為即對排污等行為進行征稅，通過加重排污的成本，促使排污得通過技術改造、設備投資等減少排放，從而改善環(huán)境。征收環(huán)境稅后企業(yè)就要進行經(jīng)濟決策：是交稅還是通過引進設備進行減排？
與此同時，目前我國財政部門也對企業(yè)采用節(jié)能環(huán)保設施投入等都提供了大量財政支持。計金標預計，環(huán)境稅的出臺一定會配套一些以前相關收費如排污費的取消及財政補貼等的措施，即環(huán)境稅的出臺不會加重企業(yè)整體稅負，體現(xiàn)“收入中性”原則。
一個鮮為人知的事實是，我國與環(huán)境相關的稅收總額占國內(nèi)生產(chǎn)總值（GDP）比重和占稅收總額的比重，要遠高于經(jīng)合組織（OECD）國家的水平。
國務院發(fā)展研究中心資源與環(huán)境研究所原專家組組長倪紅日在作為主筆人的《中國環(huán)境稅改革與完善建議》報告中指出，通過比較研究發(fā)現(xiàn)，我國與環(huán)境相關的稅收總額占GDP的比重和占稅收總額的比重均遠遠高于OECD國家水平；而且增長速度很快，2009年的環(huán)境稅稅收總額比2007增長近一倍。
“中國環(huán)境稅征管問題研究”課題研究顯示，OECD成員國環(huán)境稅的稅基涉及范圍很廣，不僅包括與環(huán)境污染相關的各個領域，還包括資源環(huán)境諸多方面。基于該分類標準，以2009年數(shù)據(jù)計算可得，中國環(huán)境稅收入總額已達到9636.6億元人民幣（不包括廢棄物管理和污染物排放），占國內(nèi)生產(chǎn)總值的2.87%，占稅收總額的15.27%。而同期的OECD成果國家與環(huán)境相關的稅收總額僅占國內(nèi)生產(chǎn)總值的2.27%，占稅收總額的5.66%。
值得關注的是，該課題還采用動態(tài)模型，模擬了碳稅政策的節(jié)能減排效果以及對GDP增長率、產(chǎn)業(yè)結構、區(qū)域發(fā)展、收入分配等方面的影響。研究結果表明：
征收碳稅可以產(chǎn)生一定的二氧化碳減排效果，在各種碳稅情景下，2020年二氧化碳（CO2）排放強度相對于2005年可下降33.5%～38%。征收碳稅對GDP的負面影響并不大。與基準情景相比，將碳稅全部歸政府所有、一部分返還給重點行業(yè)、一部分返還給居民以及同時返回給重點行業(yè)和居民等四種情景下，2020年減排率分別為10.45%、9.12%、10.5%和9.12%，GDP損失率分別為0.1%、0.02%、0.2%和0.12%。此外，征收碳稅對產(chǎn)業(yè)結構影響有限，產(chǎn)業(yè)結構變化幅度均在正負0.1%以內(nèi)。
由此，倪紅日提出的總體意見是：中國在環(huán)境稅收的政策選擇和推進中，應與國際通行做法基本協(xié)調(diào)，目前中國的環(huán)境稅收負擔已經(jīng)超過OECD國家的平均水平，不宜再增加宏觀稅負。在堅持“稅收中性”原則下，著重從規(guī)范和局部重組稅制角度，加強環(huán)境稅收的完善，短、中期的重點是將一些排污收費改為稅收，目的是強化征管，提高環(huán)境稅在環(huán)境保護上的效率。
計金標則認為，經(jīng)過嚴格測算，如果環(huán)境稅的稅率水平確實影響到企業(yè)的整體稅負，則也應相應進行其他結構性減稅。從整體上不應該增加稅負，而只應將稅負在排污水平不同的企業(yè)之間進行重新分配，以體現(xiàn)公平原則，即排放多的多納稅、不排放的不納稅。