鄱陽湖第二次科學考察成果陸續公布，科考人員通過現場調查和多年數據對比發現，鄱陽湖部分湖區已經出現了明顯水華藍藻聚集現象，并呈逐年加重的趨勢。
對比2007年到2011年間的現場調查數據，科考人員發現，2013年鄱陽湖藍藻水華分布區域較前幾年有大范圍增加。鄱陽湖湖泊濕地觀測研究站夏季采樣發現，在都昌、軍山湖、康山湖、撮箕湖、戰備湖等湖區水面均有肉眼可見的大群體藍藻聚集。
值得慶幸的是，由于鄱陽湖是通江湖泊，水體交換快，豐水季節帶走了大量營養鹽，而枯水期主航道水流速度快，水體渾濁不利于藍藻生長聚集，因此在鄱陽湖主湖區暫時未發現類似太湖等淺水湖泊爆發的大面積嚴重藍藻水華。
但此次科考研究顯示，未來5年，鄱陽湖的東南湖灣、老爺廟附近湖區、康山大圩、南磯濕地和入湖河口尾閭區等區域還將可能爆發藍藻水華。當總磷濃度達到0.2mg/L，這些湖區所含藍藻生物量將可能與太湖、巢湖等藍藻水華嚴重的湖泊相當。
湖泊富營養化和藍藻水華是全世界共同面臨的重大環境問題之一，其發生往往與污水、水產養殖、湖水流動性差造成的水質下降有關。
鄱陽湖是中國第一大淡水湖，也是世界自然基金會劃定的全球重要生態區之一。
由于第一次科考數據年代久遠，為摸清鄱陽湖生態家底，江西省于2012年8月再次啟動了“鄱陽湖科學考察”項目。科考歷時2年，經過全國40多個科研機構的400多位科技工作者的辛勤工作，在生物資源、水文水環境、水污染調查等方面取得豐厚成果。