截至28日24時，首批接納南水的郭公莊水廠、第三水廠、第九水廠、田村山凈水廠、門頭溝城子水廠和長辛店水廠總共接納127萬立方米南水，經檢測，各水廠生產的自來水全部符合國家106項生活飲用水衛生標準，供水管網運行平穩。為了確保這珍貴南水進京安全，從源頭水庫、沿線總干渠，到進京后監測和預案，都做了充分的考慮和大量的工作。

遠在距離北京1276公里的丹江口水庫，專門設置了水質自動檢測站，每天4小時監測一次，同時，還有一批水質檢測員每天到庫區采集水樣，和自動監測得到的數據相互印證，減少誤差。

從水庫到北京之間的總干渠，全部采用封閉管理，干渠的兩側設置截流溝、隔離帶、防護網等措施，遇到河流、公路、鐵路和其他管線，就用立交的方式穿越，這樣可以防止外水進入輸水渠道。而對于高于渠道底的地下水，則盡量外排，防止不符合飲用水標準的地下水進入總干渠。

南水進京之后，會通過實驗室監測、自動監測和應急監測三種方式進行水質監測。目前南水北調干線北京段及市內配套工程共設置了34個實驗室監測斷面、27個自動監測站和1臺應急移動監測車，北京市南水北調工程辦公室與國務院南水北調辦、北京環保局、水務局和自來水廠等部門建立了信息平臺，共享水質監測數據。

為了防止水污染突發事故，還有三道關卡保護水質。第一道防線位于房山拒馬河渠首北部的惠南莊泵站，是江水進京的入口；第二道防線位于永定河以西的大寧調壓池，南水由此進入市區；第三道防線是團城湖調節池，南水自此進入水廠。三道防線全部設置了智能化水閘，一旦水質有問題，水閘就會自動關閉，確保問題水“不入京、不入城、不入廠”。值得一提的是，應急移動監測車上配有一部分快速檢測的儀器，出現突發污染事件時，現場取樣后10分鐘就可以測出結果。