淮河流域是我國水資源短缺和水污染嚴重地區，水資源保護工作經歷了水質保護、水功能區保護和河湖生態保護的發展歷程。黨中央、國務院高度重視淮河水污染防治和水資源保護工作，將淮河列入國家“三河三湖”流域水污染治理的重點。

    據水利部淮委總工程師顧洪介紹，２０００年以來，工業污染源治理和城鎮污水處理設施建設步伐不斷加快，至２００９年全流域已建成城鎮污水處理廠２５３座，形成處理能力約９６５萬噸每日，城鎮污水集中處理率達到七成以上，全流域入河排污總量顯著減少。據監測，２００９年淮河流域主要污染物ＣＯＤ入河排放量為５５．０８萬噸，比治污初期１９９５年的１５０萬噸削減了６３．３％；省界斷面水質明顯改善，２００９年淮河流域省界斷面水質為Ⅴ類和劣Ⅴ類的測次占４４．２％，比１９９５年的７５．３％下降了３１．１％；流域內重大水污染事故明顯減少，２００５年以來淮河干流未發生重大水污染事故。

    據悉，淮河流域管理機構、省、市三級監測體系基本形成，建成２９個水環境監測中心和分中心，實施監測項目１００多項，全流域８８９個水功能區和１４００多個重點入河排污口全部納入監測范圍。水質監測領域不斷拓展，開展地下水、飲用水源地有毒有機物監測和河湖生態監測，為水資源保護提供了重要的技術支撐。