條例規定，曹娥江流域鏡嶺大橋以下的澄潭江及其堤岸每側一般不少于五十米、嵊州市南津橋到曹娥江大閘的曹娥江干流及其堤岸每側一般不少于一百米的區域，為曹娥江流域水環境重點保護區。具體范圍由紹興市人民政府劃定，并向社會公布。

　　以前，曹娥江流域保護沒有專門的機構。條例作出規定，曹娥江流域水環境保護實行流域統一管理和屬地分級管理相結合的原則。紹興市人民政府全面負責曹娥江流域水環境保護工作。同時，設立一個專門的管理機構，行使市政府依法授予的曹娥江流域水環境保護的組織、協調、監督及其他有關職權。

　　針對曹娥江流域采砂問題，條例規定，對流域河道采砂實行統一規劃、總量控制、屬地管理。曹娥江流域河道采砂實行許可制度。采砂作業應當按照采砂許可證規定的范圍、作業方式進行，不得破壞河床、河岸、航道及生態環境。采砂、軋砂、洗砂廢水排放應當符合核定的水質渾濁度控制指標。許可證有效期屆滿后，采砂單位或個人負責恢復廢棄作業場所的地貌和植被。

　　條例還對縣級政府的環保責任作出規定。流域有關縣級人民政府應當根據本行政區域主體功能區定位和生態環境功能達標要求，建立健全鄉（鎮）、街道考核評價制度，將水環境保護目標完成情況作為考核評價內容。水環境保護目標考核不合格的，縣級人民政府暫停審批該鄉（鎮）、街道排放水污染物的工業類建設項目，取消或者減少該鄉（鎮）、街道的生態補償并限期整治。

　　目前，曹娥江流域內城鎮及農村生活污水處理設施建設還不夠健全。條例規定，紹興市及流域有關縣級人民政府應當按照統一規劃、合理布局的原則，嚴格組織實施本行政區域城鎮污水集中處理設施建設規劃，通過財政預算和社會資金投入等渠道籌集資金，統籌建設污水集中處理設施和污泥無害化處置設施，完善城鎮污水處理配套管網。

　　為了能夠對違法排污行為進行及時嚴格處置，條例明確，排污單位向城鎮污水集中處理設施排放污水應當做到達標排放。因超標排放造成污水集中處理設施損壞的，排污單位應當依法承擔賠償責任。